扇貝肉通常需要去除內臟，主要處理部位為黑色消化腺和裙邊內側的沙囊。扇貝肉可食用部分包括閉殼肌和生殖腺，內臟可能殘留泥沙或代謝廢物。

扇貝內臟中的黑色消化腺是過濾海水中雜質的主要器官，可能蓄積重金屬或藻類毒素。新鮮扇貝的消化腺呈深褐色條狀，位于閉殼肌側邊，用手指輕推即可分離。部分扇貝品種的生殖腺顏色鮮艷，可安全食用，但若呈現渾濁灰綠色則建議剔除。處理時可沿閉殼肌紋理撕開貝肉，用流水沖洗褶皺處殘留物。

部分小型扇貝經充分蒸煮后內臟可能收縮脫落，但高溫無法完全分解脂溶性毒素。即食包裝扇貝肉多經過預處理，但仍需觀察是否有黑色顆粒殘留。沿海地區(qū)傳統食法可能保留完整內臟，需確保捕撈水域無赤潮污染。處理時建議佩戴手套，避免被貝殼邊緣劃傷。

購買活體扇貝應觀察貝殼閉合反應，死亡個體內臟腐敗速度較快。烹飪前用鹽水浸泡可促進吐沙，蒸制時間控制在5分鐘內避免肉質變硬。扇貝富含優(yōu)質蛋白和鋅元素，但高尿酸人群需控制攝入量。處理后的貝肉可冷藏保存2天，冷凍保存建議分裝避免反復解凍。